三
在封建统治阶级集团大力推行“练兵自强”的时候，资产阶级改良派也提出“变法自强”的要求。光绪皇帝从要发愤图强和摆脱受慈禧太后控制的双重考虑，支持康有为、梁启超、谭嗣同等为首的维新派的主张。1898年6月11日，光绪皇帝颁布诏书，实行变法，史称“戊戌变法”。与此同时，后党首领慈禧也加紧部署，准备发动政变。6月15日，慈禧强迫光绪帝免去支持变法的翁同和的职务，任命荣禄为直隶总督兼北洋大臣，统率董福祥的甘军、聂士成的武毅军和袁世凯的新建陆军，并称“北洋三军”。
袁世凯素来善于观测风向，进行政治投机。在他一时还难于断定帝党和后党哪一方掌握了绝对优势时，他亦和维新派保持接触，并表示自己支持变法的态度，致使维新派认为袁世凯是一位可以倚重的“拥兵者”。1898年9月18日，帝党与后党力量的对比发生了转移，风传慈禧要偕光绪到天津阅兵，届时要废掉他。光绪在危急时，给康梁下了一道密诏，望维新派“速密筹设法相救”。维新派主要人物捧诏痛哭，计无所出，唯寄望于袁世凯。当天深夜，谭嗣同到华寺袁的寓所与他商谈，请他救圣上。袁表示竭死力以补救。谭说：“荣禄固操莽之才，绝世之雄，待之恐不易之。”袁则怒目视曰：“若皇上在仆营，则诛荣禄如杀一狗耳。”在此前后，光绪曾召见袁世凯两次，袁世凯都表示了作臣子的“忠心”。9月20日即光绪第二天召见的当夜，袁世凯借口弹药不足和要更选将官，匆匆赶回天津向荣禄告密。荣禄连夜进京面秉慈禧。9月21日晨，戊戌政变发生，光绪被囚，维新派被捕杀。袁世凯以两面派手段出卖了光绪帝和维新派，又获得慈禧的赏识，官升至工部右侍郎。
政变后，慈禧太后为巩固京畿重地，命直隶总督荣禄为钦差大臣，节制北洋各军，组编武卫军。武卫军由五支军队编成，以聂士城的武毅军为武卫前军，驻芦台；董福祥的甘军为武卫后军，驻荆州、通州；宋庆的毅军为武卫左军，驻山海关内外；袁世凯的新建陆军为武卫右军，驻小站。荣禄另募新兵万人为武卫中军，驻南苑。武卫军名为一军，实际上各军自成势力。
1894年甲午战争，中国战败，日本强迫清政府订立了不平等的《马关条约》。《马关条约》签订后，各国掀起瓜分中国的狂潮，外国教会势力随之蔓延到中国农村。这些教会刺探情报，霸占田产，包揽诉讼，侵犯中国主权，激起了中国人民的反抗，以至义和团运动的爆发。义和团在山东发展迅速，引起帝国主义的不满，要求清政府撤换山东巡扶，由袁世凯接任。1899年12月，清政府委任袁世凯为山东巡抚。
袁世凯到山东后，大肆镇压义和团，讨好洋人教会，保护洋人及教会利益。义和团对袁世凯恨之入骨，齐声唤：“杀了袁黿蛋，我们好吃饭。”而洋人教士们则对他“颂述其恩”。当八国联军进犯京城时，袁世凯又参与两江总督刘坤一、湖广总督张之洞与各帝国主义国家订立“东南互保”的协议，即承认列强侵略京津，列强允许各省在境内剿团保教而不进侵。1900年6月，北京处境危急，慈禧命袁世凯发兵勤王，保卫京师。袁世凯不敢得罪慈禧，又怕冒犯洋人，便采取拖延办法。及至北京陷落，慈禧仓惶出走，袁世凯则运去大量银两、贡缎、食物，使慈禧不仅没有责他借故拖延勤王之罪，反而对他“大为嘉许”。辛丑条约签订后，慈禧回銮。袁世凯又派亲信率兵迎接，并负责筹款修复被八国联军破坏了的宫禁。袁世凯在山东的所作所为，深得中外反动派的赞赏，交口称他为“应变良才”。1901年11月李鸿章临死前说：“环顾宇内人才，无出袁世凯右者。”力保袁世凯继任直隶总督。荣禄等也极力推荐。于是，慈禧明令提升袁世凯为直隶总督兼北洋大臣，并加封太子少保。袁世凯成了权倾一时的封疆大臣。
袁世凯在血洗义和团的同时，已将山东防练各军改编了二十营，共九千多人，称武卫右军先锋队。出任直隶总督兼北洋大臣以后，又将武卫右军改编成常备军各镇，每镇辖步兵两协、四标、十二营约一万二千五佰多人。两镇为一军。李鸿章死后，淮军群龙无首，袁世凯更乘此机会，把李鸿章在北洋经营数十年的官僚企业全部占为己有，把他的幕府班底也大都网罗在自己的势力之下。他所网罗的李鸿章旧部有：
杨士骧，安徽泗州人，进士出身，李鸿章的亲信幕僚。袁世凯奏举他为直隶布政使、山东巡抚。
杨士琦，杨士骧之弟，素来富有机略权变，袁世凯让他充任洋务总文案，成为亲信“智囊”。
孙宝琦，浙江杭县人，长期为李鸿章属吏，袁世凯奏举他充任驻法、德公使。
赵秉钧，河南汝州人，原为淮军军官，心狠阴鸷，“长于缉捕”，袁世凯委派他创办巡警，渐渐成为袁世凯手下的特务头子。
此外，还有陈壁、胡惟德、朱家宝、吴重熹、齐耀琳、梁士诒、张镇芳、周学熙、孙多森等。这些淮系官僚有丰富的政治经验，他们转而为袁世凯效力，使得袁世凯的势力得以迅速膨胀。
1901年，清政府决定废除绿营制度，在全国范围内共编练三十六镇新式陆军，袁世凯为了掌握更多的军事实力，加紧谋求新军编练权。1902年6月在保定成立北洋军政司（后改称督练公所），自兼督办。同年底，朝廷任命袁世凯为京旗练兵大臣，使他掌握了北方各省的新军训练。1903年4月，荣禄病死，庆亲王奕劻入军机为领班大臣，掌握政府实权。奕劻是个昏庸的皇族官僚，素来收受袁世凯的重金贿赂，朝政方面更加依重袁世凯。袁世凯极力主张中央成立练兵处，统管全国的练兵。西太后和奕劻同意后，于1903年12月成立了练兵处，奕劻为总理练兵大臣，袁世凯为会办大臣，但奕劻实际把全权交给了袁世凯，使他掌握了全国的军制和军饷。
到1905年，袁世凯已把北洋陆军编为六镇（相当于师）。这支拥有全国最精良装备的六镇新军，共约七万余人，除第一镇是旗兵，袁世凯不能完全控制，其余五镇都是由袁世凯一手培植起来的武装。它的重要骨干，几乎都是小站出身的袁世凯的亲信：第一镇统制先后为凤山、何宗莲；第二镇统制先后为王英楷、张怀芝；第三镇统制先后为段祺瑞、曹锟；第四镇统制为吴凤岭；第五镇统制先后为吴长纯、张永成；第六镇统制先后为王士珍、赵国贤、段祺瑞。当时担任协统的有雷震春、陈光远、李纯。担任标统的有王占元、卢永祥、鲍贵卿、王怀庆、田中玉、杨善德、孟恩远、唐天喜、王振畿、赵玉珂、王同玉等。但任营管带的有何半林、陆锦、李长泰、李厚基、施从滨、阎相文等。
此外，袁世凯也尽量把其他军队纳入自己的北洋系统。如宋庆的武卫左军（前称毅军），在1902年宋庆死后，也逐渐由他的亲信姜桂题接管。
在编练新军的过程中，袁世凯还创办了一批新式陆军学堂，如行营将弁学堂，北洋武备速成学堂，保定陆军小学堂。通过这些学堂，袁世凯把培训军官的权力紧紧抓在自己手中，培养了一大批具有北洋派系观念的中下级军官，作为他属军的骨干的力量。
除了编练新军，袁世凯还依照西法，尤其是日本的方法编练巡警。他在保定创办巡警局，以赵秉钧为总办。赵秉钧创办了巡警学堂，组织巡警队，不久，京津一带的警权也掌握在袁世凯手中。他还以推行“新政”为名，极力插手教育、路矿、通商、外交、财政等事务，控制了直隶、山东、河南、东北等一大片地盘，使北洋集团成为清末统治阶层中实力最为雄厚的一个军事政治集团。
袁世凯重权于一身，引起了一批满族皇亲如军机大臣、陆军部尚书铁良等的不满。到了1908年11月，光绪皇帝和慈禧太后相继病死，三岁的小儿溥仪继位，由其父载沣摄政。摄政王载沣是光绪皇帝之弟弟，对袁世凯在戊戌变法中出卖光绪怀恨在心，更不满他权势过大，欲杀之以泄愤。后经奕劻、张之洞等说情，摄政王发布谕旨，以袁世凯患足疾为由，“即开缺回籍养疴”。1909年1月6日，本来威风八面的袁世凯，凄然离京回河南。
袁世凯并没有回项城老家，而是到彰德（今安阳）城北门的渔上村隐居。袁世凯当然不会甘心归隐终老，实际上，他一刻也没有停止政治活动，他的寓所内设有直通北京的电报房，随时与北洋将领们通消息，他不过是暗藏牙爪，待机而动罢了。