四、粤军回省，驱逐桂系
粤军攻闽成功，使孙中山和国民党掌握了一支自己的军队，并且有了一块闽南根据地。孙中山指示援闽粤军利用停战机会，从事扩编整训。很快，粤军发展兵员至2万余人，编成两个军，以陈炯明为总司令兼第1军军长，许崇智为第2军军长，邓铿为总部参谋长。但这时陈炯明已致力培植自己的势力，其部属多为自己的亲信和家庭兄弟，拥陈过于拥孙，第一军也渐渐变成了“陈家军”。
过去评价陈炯明，没有多少好话，近年来，史学界已提到他的不少功绩，其中建设“闽南护法区”，便是其中之一。1918年，陈炯明率粤军进驻福建漳州，标榜“护法”，将福建南部的26个县，合称为“闽南护法区”，以贯彻联省自治之“先争取地方自治，后建立联省政府”的主张。陈治理漳州两年，成绩斐然，城市建设已经遥遥领先于全国其他城市，如完备的地下排水系统，无疑为全国其他城市所无。德国媒体称赞漳州是“东方一颗明星，正在放出光芒”。美国领事卡尔顿向华盛顿报告：“陈氏在漳州时，曾施行各种市政改革，他用的手段，近乎革命；但成效极佳，结果人民都感满意。这令中国人看到，事可办成，不必需要过度辛劳与重税”。
孙中山由于第一次护法失败，已认识到南北军阀是一丘之貉，依靠滇桂军阀不可能推行护法运动。1919年8月7日，孙中山又辞去军政府总裁（七总裁之一）。以后，孙中山又多次主张取消由桂系军阀及官僚政客所把持的军政府。1920年，孙中山力主粤军回粤，以肃清盘踞广东的桂系军阀，建立广东革命根据地。但陈炯明对此并不热心，只求与桂系和平共处。6月29日，孙中山特派朱执信、廖仲恺到漳州，力促陈炯明回师广东。8月11日，桂系通过军政府下了进攻福建粤军的动员令，以沈鸿英为总司令，分3路进攻粤军，这才使陈炯明下了回师广东的决心。
8月16日，粤军分3路进攻桂军：左路由邓铿指挥，进攻饶平、潮安；右路由许崇智指挥，进攻大埔、梅县、兴宁。由于桂系治粤4年，作恶多端，广东人民恨之入骨，纷纷支援粤军回师。各地民军也起义响应。广东地方派军人李福林、魏邦平等又宣布脱离桂系。这样，桂军兵败如山倒，狼狈溃退。粤军于10月22日占领惠州；10月28日攻克广州。岑春煊、莫荣新等率桂军残部逃回广西。
是役，孙中山损失了一位亲密战友。9月21日，朱执信为调停虎门驻军叛桂反正与东莞民军的冲突时不幸遇难牺牲。朱执信，原籍浙江萧山，1885年生于广东番禺。1904年留学日本，次年加入同盟会。1910年与赵声等发动新军起义。1911年与黄兴领导广州起义。后参加了讨袁和护国、护法运动。现在广州有执信中学作为纪念。
粤军攻克广东后，11月10日，孙中山在上海任命陈炯明为广东省长兼粤军总司令，废除广东督军一职。11月25日，孙中山偕唐绍仪、伍廷芳等离开上海，28日抵达广州，重组护法军政府。
是年11月，粤军参谋长邓铿组建粤军第1师，这是粤军其后发展、分化的源头。
1921年4月7日，非常国会选举孙中山为中华民国非常大总统。孙中山任命陈炯明为陆军部总长兼内务部总长，又说服他加入国民党，并任命他为国民党广东支部长。孙中山对陈炯明的抬举和忍让，并没有使陈炯明与孙中山等同心同德，他反而更加飞扬跋扈，政治野心越来越膨胀。
孙中山组建政府后，主要目标是要进行北伐，打倒军阀，统一中国。为巩固广东政权，首先要肃清桂系军阀。但陈炯明却提倡“联省自治”，反对伐桂。而桂系军阀退回广西后，并不甘心失败，1921年6月13日，桂军分三路攻粤。至此，陈炯明才被迫进行反击，和孙中山暂趋一致。
6月27日，孙中山下令讨伐桂系军阀，任命陈炯明为“援桂”粤军总司令，兵分三路还击桂军。与此同时，总统府参谋总长李烈钧与云南唐继尧、贵州卢焘也组成滇黔赣讨陆联军，从桂西、北直捣桂林、柳州，配合粤军作战。在桂粤两军决战于梧州之际，桂军刘震寰部因事先受国民党之运动，宣布独立响应，桂军便兵败溃退。粤军长驱直入，协同滇、黔、赣各军，只3个多月，全部攻占广西，陆荣廷、谭浩明等逃往越南河内。
孙中山据有两广，决定乘胜出师北伐，并屡电陈炯明令他出师参加北伐，但陈炯明以准备不足为由加以反对。10月23日，孙中山亲到广西南宁会晤陈炯明，但陈炯明仍不听劝请，最后，孙中山只得说：“两广请兄主持，唯无阻我北伐，并请切实接济饷械。”陈炯明表面答应，然后返回广州。12月10日，孙中山在桂林设立大本营，抽调军队，准备大举北代。当时参加北伐的军队有许崇智的粤军第2军、李福林的福军、朱培德的滇军、彭程万的赣军、谷正伦的黔军等，共13旅约3万人。以李烈钧为参谋长，胡汉民为民官长。而陈炯明的粤军第1军除抽出3个营编为大本营警卫团外，都不参加北伐。
1922年2月3日，孙中山在桂林下令北伐。陈炯明留守广州，不但不接济饷械，反而与湖南督军赵恒惕勾结，欲置北伐军于死地。正如孙中山事后所说的：“综此二者，一为阻我前进，一为绝我归路”。3月21日，孙中山的亲密同志，留守广州的粤军参谋长兼第一师师长邓铿，被陈炯明的亲信部属暗杀。孙中山闻讯，极为哀痛和义愤，决定回师广东。在回师途中，孙中山在梧州和肇庆，两度电召陈炯明前来会晤。陈炯明不但不来，反而以辞去本兼各职相要挟。孙中山震怒，于4月21日下令免去陈炯明广东省长、粤军总司令及内务部总长三职。陈炯明于即日宣布下野，离开广州赴惠州，令其部布防于石龙、虎门等地；又密令在广西的前敌总指挥、广东惠阳人叶举率“陈家军”主力，迅速回师广州，以对抗孙中山。
4月22日，孙中山回到广州。手下将领主张先消灭“陈家军”，再进行北伐。但孙中山为避免引起内战，同时仍希望陈炯明能回心转意，故令北伐军暂不进入广州，改在韶关一带集中。但这样做，反使叶举能率军迅速从广西回师，占据广州。陈炯明不但不回心转意，而且和北洋军阀达成反孙协议：发难成功，则授陈两广巡阅使职。
6月15日深夜，陈炯明公开叛变。他指令叶举、洪兆麟率部围攻炮击总统府和孙中山的住地观音山粤香楼，以及占领省市机关。孙中山在部属林直勉、林树巍等护送下离开总统府，天明后登上永丰舰得以脱险。孙中山在永丰舰上坚守了55天，指挥广州军民与陈炯明作斗争，历尽艰险，直至8月9日才离开广州，经香港赴上海。8月15日，陈炯明从惠州回到广州，自任粤军总司令，对广东实行其军阀统治。
在陈炯明广州发难的同时，陈军另一将领，第4独立旅旅长、广东防城人邓本殷，乘机在粤西攻城掠地，自树一帜，成立高州、雷州、钦州、廉州、琼州、崖县、罗定、阳江“八属联军总指挥部”，任总指挥兼第1军军长。后投靠北洋军阀以自固，被封为高雷钦廉琼崖罗阳八属督办，与陈炯明东西响应。
1922年10月19日，孙中山将进入福建的北伐军许崇智部改为东路讨贼军。同年冬天，孙中山派人联络了在广西的滇军杨希闵、桂军刘震寰部和驻梧州及西江的部分粤军，组成西路讨贼军。1923年1月4日，孙中山发出讨伐陈炯明的通电，西路讨贼军出梧州沿西江东下，“陈家军”迅速溃败。讨贼军于1月9日占领肇庆，10日占领三水，16日占领广州。陈炯明于15日通电下野，逃回老巢惠州，他的3、4万残兵也退到东江、潮梅一带，继续实行军阀统治，与革命政权对抗。
2月21日，孙中山从上海回到广州，在广州河南土敏土厂设立中华民国陆海军大元帅府，并出任大元帅职。这是孙中山第二次在广东建立政权。但这是国共合作时期建立的革命政权，孙中山把旧三民主义发展成为新三民主义，把他一生的革命事业推向更高的阶段。
陈炯明对孙中山的革命政权恨之入骨，多次进行军事围攻。1923年4月，桂军沈鸿英部在广州北郊发动叛变，陈炯明配合沈鸿英，发兵进攻石龙、增城；同年11月，帝国主义出动军舰，对孙中山收回粤海关税款进行威胁，陈炯明又紧密配合，兵力4路进攻广州。这两次进攻，都被孙中山率领革命军击退。1924年9月，孙中山举行第二次北伐，在韶关设立大本营，出师攻赣。10月10日，广州商团武装叛乱，陈炯明和商团头子、广东南海人陈廉伯互相勾结，阴谋里应外合，颠覆革命政权，但商团叛乱很快被广州军民平息。1925年1月，陈炯明又会同江西北洋军阀方本仁部，兵分3路进犯广州，很快又被革命军所击退。
为了巩固广东革命根据地，消灭陈炯明武装，1925年2月，广州大元帅府组成了以黄埔军校学生为主力，有粤、湘、滇、桂各军参加的第一次东征，以许崇智为总指挥。东征军先后占领潮州、梅县、汕头等地，击溃陈军主力林虎部3万余人，陈炯明率残部退入江西、闽南。6月，桂军刘震寰、滇军杨希闵在广州发动武装叛乱，东征军不得不回师广州平叛。陈炯明趁此机会，又重占潮州、汕头，谋攻广州。9月，广州国民政府以蒋介石为总指挥，又发动第二次东征。10月14日，东征军攻占惠州，11月初完全收复东江，全歼陈部1万2千余人，陈军残部7、8千人，由刘志陆率领往北逃窜至山东，投靠张宗昌，被编为直鲁联军第3路军，至1928年夏，又被国民革命军击败，被改编为陆军新编第2师，刘志陆仍任师长。1930年后，刘志陆历任军事参议院参议，第4战区长官司令部高等顾问、广东省政府委员等，1941年病逝。
陈炯明在彻底失败后逃往香港，后曾在香港组织洪门致公党，任总理。1933年9月22日，陈炯明在香港病逝。陈军重要将领叶举，失败后逃往香港，后客死香港。洪兆麟，兵败后只身逃往香港，同年12月，在赴上海途中，被人击毙于舟中。还有林虎，兵败后逃亡香港等地。抗日战争爆发后，出任国民参政员、国民党立法委员等。1949年后留居大陆，曾任广东省人民政府参事、广西政协副主席、全政协常委等。1960年2月病逝。
在国民革命军第二次东征时，盘踞广东南路八属的邓本殷趁机率部大举进攻广州，策应陈炯明。国民革命军以李济深为总指挥进行南征，击退邓本殷部并乘胜追击，将其赶至海南岛，连续作战，全歼邓本殷残部。邓本殷仅带随从数人潜逃大陆，同年3月在上海病死。
上面所述，沿用过去的史实。近年来，研究陈炯明的学者提出不少不同的结论，集中有几点：一是，陈炯明因与孙中山政见不同而遭孙中山嫉恨，并非叛变； 孙中山去世，陈炯明送一挽联云：“唯英雄能救人杀人，功首罪魁，留得千秋青史在；与故交一战再战，私情公谊，全凭一寸赤心知。”二是，邓铿并非陈炯明所杀，而是国民党派人暗杀；三是，陈炯明没有炮轰总统府，只是开了几响空炮，想吓走孙中山，倒是孙中山炮轰广州城。
至于陈炯明的晚年，倒是无可争议的。1925年，陈炯明败于国民革命军后，蛰居香港，被推举为中国致公党总理。他廉洁自持，不蓄私财，生活窘迫。九一八事变后，日本人企图拉他下水，他则反过来要求日人归还东三省。日人拉拢不成，仍赠他8万元支票，他在支票上打叉退还。1933年9月22日，他在贫病中死于香港。其后，致公党继承了他的遗志，与国共两党合作抗日，后来又联共反蒋，直至今天都是参政党之一。
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