三
段祺瑞重新上台，执掌政权后，全国舆论呼吁恢复第二次解散的国会，但遭到段祺瑞的拒绝。孙中山即于7月17日自上海率海军南下护法，在广州组织护法军政府，开始了护法运动。此外，西南滇、桂军阀在这个时候或者标榜自主，或者公开反对段内阁。段祺瑞急于扩充军备，决心发动第二次南北战争，以武力统一中国。为此，他向日本大量借款，其中仅西原借款（由日本寺内正毅内阁的代表西原龟三经手，故名）就有八次之多，约一亿四千五百万日元，用以购买日本军火，编练“参战军”。
袁世凯死后，以直隶河间人冯国璋为首的军阀结成联盟，世称直系。直系的势力当时主要在长江流域，江苏督军冯国璋、江西督军李纯、湖北督军王占元，称“长江三督”。冯国璋出任代理大总统，段祺瑞不无顾忌，但能将冯国璋调离他的势力范围，反倒容易对付。冯国璋也有他的打算，他表示可以北上就职，但必须以李纯接任江苏督军，陈光远为江西督军，自己带一师人马入京。在这些条件满足后，他才动身离开南京。冯国璋虽然当上一个没有多大实权的总统，但新的“长江三督”则是他的外部力量。
冯国璋入京后，段祺瑞即以控制黎元洪一样对他加以架空和利用；冯国璋当然力图摆脱控制，当一个有名有实的总统。双方的矛盾，亦即直、皖两大派系的矛盾，造成了新的“府院之争”。而相争的焦点，是在对西南军阀及广东护法军政府的政策上。段祺瑞主张“武力统一”，借此扩充皖系的势力；冯国璋主张“和平混一”，借此讨好西南军阀，保护直系的利益，从而对抗皖系。
1917年8月，段祺瑞派傅良佐为湖南督军，吴光新为长江上游总司令兼四川查办使，调北洋第八、第二十两师入湖南。湖南的争夺战，拉开了南北战争（护法战争）的序幕。冯国璋一面与西南实力派陆荣廷等暗中往来，互通声气，一面指使“长江三督”加以牵制。于是，陆荣廷在南宁召开两广援湘军事会议，通电公开讨段，出兵大举援湘。长江三督则联名发表和平建议，与西南军阀呼应。
11月，正当湖南战事继续扩大之时，北洋军第八师师长王汝贤、第二十师师长范国璋突然于11月14日发出通电，主张停战议和。王、范两将均系直隶人，与冯国璋关系良好，故有此举。紧接着，长江三督以及直隶督军曹锟联名发表通电，响应停战。形势的突变使段祺瑞极为被动，只得以退为进，提出辞职。占了上风的冯国璋不失时机，于11月25日下令准免段祺瑞国务总理职，先以外交总长汪大燮代理，后又请出王士珍署理内阁总理兼陆军总长。
段祺瑞解职，不过退居幕后，徐树铮仍在前台活动，在他们的背后，有日本的全力支持。段祺瑞、徐树铮于12月2日策动了北方十督：曹锟、张怀芝、张作霖、倪嗣冲、阎锡山、陈树藩、赵倜、杨善德、卢永祥、张敬尧等齐集天津，举行督军团会议。12月6日，联名电请北京政府明令讨伐西南。冯国璋在督军团的逼迫威胁下，只得表示让步，下达讨伐令。又任命段祺瑞为参战督办，段芝贵为陆军总长，使皖系得以东山再起。此时，由冯国璋原先授意，李纯与陆荣廷达成了谅解。陆荣廷提出恢复国会，停止湘粤进兵和拥护冯国璋继任总统的条件，一旦满足这些条件，两广即取消自主。这样一来，冯国璋又发出了停战布告，责成南北两军停止敌对行动。但北方主战派立即又展开攻势。12月31日，北方十督曹锟等发表通电，坚决反对恢复旧国会，主张以皖系控制的临时参议会代行国会职权，选举正式大总统，实际是想“合法倒冯”。在这种形势之下，冯国璋改变策略，声称要亲自出征讨伐西南，亲率拱卫军一旅，乘车沿津浦路南下，实质想逃离皖系控制下的北京，回到直系大本营南京。不料，专车开到蚌埠时，被皖系干将倪嗣冲拦截，迫使冯国璋回到北京。这样，冯、段两派的斗争更趋白热化。
为了从根本上打击冯国璋的直系力量，段祺瑞派徐树铮到奉天与奉系首领张作霖商讨合作，调奉军入关“兵谏”，迫使冯国璋就范。以日本运来的军火，作为换取奉军入关的条件。奉系得到军火后，迅速出兵入关，进逼天津。皖、奉联合，冯国璋的处境更加危险，不得已再作妥协，又一次请出段祺瑞当国务总理。
段祺瑞第三次组阁后，继续推行他的武力统一政策，同时按原定合法驱冯的计划，指使临时参议院通过国会组织法和两院议员选举修正案。1918年8月12日，皖系一手操办的安福国会开幕，合法倒冯的时机已成熟。
在这里，很有必要先解释一下安福俱乐部，安福系及安福国会等几个名称。安福俱乐部，是皖系军阀的御用团体。1917年3月，段祺瑞为抵制孙中山在广州召开国会非常会议和操纵是年9月的总统大选，指使王揖唐、唐毓隽等在北京安福胡同梁式堂住宅组织俱乐部。3月8日正式成立，因在安福胡同开会，且本部设于此，故取名安福俱乐部。俱乐部的组织具有一个国家全部官制的雏形，下设干事部，主任王揖唐；评议会，会长田应璜；政务研究会，会长李盛铎。以安福俱乐部为组织形式而形成了一个派系，称为安福系，是皖系军阀政治上的中坚和核心力量，其首领为徐树铮、王揖唐等。1917年7月24日，段祺瑞通电各省，征求召集临时参议院的意见。9月29日下令召集，11月10日开会。临时参议院被安福系所控制，主要任务是修改民国元年所定有关国会的各种法规，以便组成有利于皖系的“正式国会”。1918年2月17日公布了《修正国会组织法》，选出参议院议员168名，众议院议员406名。8月12日国会成立。参议院正副议长为李盛铎、田应璜，众议院正副议长为王揖唐、刘恩格。由于它是由安福俱乐部一手包办选举产生，而且安福系占绝对多数议席，故称安福国会。
安福国会的目的是倒冯。冯国璋自知无力抵抗，但又心有不甘，因此提出以段祺瑞同时下台为他下野的条件。正当此时，局势又发生新的变化。原来倾向皖系的直隶总督曹锟及他的第三师师长吴佩孚等前线将领由主战变成了主和。吴佩孚还公开痛骂安福国会甚至段祺瑞本人。沉默已久的长江三督也发出先决时局，后选举总统的通电。这些，都旨在挽救冯国璋，冲击段内阁。面对直系的反扑，段祺瑞决定迅速组织总统选举法，尽早完成合法倒冯计划。为避免直系的直接报复，段祺瑞表示与冯国璋同时下野。9月4日，大总统选举会正式举行，结果徐世昌当选，冯国璋、段祺瑞同时下野。
冯、段的结局，形式相似，内容则完全不同。段祺瑞不过是以退为进，他依旧在幕后操纵和控制着中国政治。而冯国璋则是个彻底的失败者，下野后回到河间隐居，经营产业，一年后在北京帽儿胡同私宅病逝。