溥仪居宫内，一直与亡清残余势力图谋复辟，且以赏赐、典当、修补等名目，从宫中盗窃大量文物，引起了社会各界的严重关注。1924年，冯玉祥发动“北京政变”，组织摄政内阁，修改对清皇室优待条件，将溥仪逐出宫禁，接管了故宫，同时成立“办理清室善后委员会”，负责清理清皇室公、私财产及处理一切善后事宜。

    1925年9月29日，“办理清室善后委员会”制订并通过了《故宫博物院临时组织大纲》，设临时董事会“协议全院重要事物”，由董事严修、卢永祥、蔡元培、熊希龄、张学良、张璧、庄蕴宽、鹿钟麟、许世英、梁士诒、薛笃弼、黄郛、范源濂、胡若愚、吴敬恒、李祖绅、李仲三、汪大燮、王正廷、于右任、李煜瀛等21人组成。又设临时理事会“执行全院事物”，有理事9人。下建古物馆、图书馆。李煜瀛为临时董事兼理事长，易培基任古物馆馆长，陈垣任图书馆馆长。

    上述董事皆当时军政界学术界名流，仅介绍三位开院元勋。李煜瀛，又名李石曾，河北高阳人，晚清重臣李鸿藻第三子，1881年生。国民党元老。教育家、文物鉴赏家。易培基，湖南善化人，1880年生。同盟会会员，曾任教育总长。教育家、文物收藏家及鉴赏家。陈垣，广东新会人，1880年生，曾任北京大学教授、辅仁大学校长等，教育家、历史学家。

    “办理清室善后委员会”曾对故宫文物逐宫逐室地进行了清点查收，事竣后整理刊印出《故宫物品点查报告》共6编28册，计有9.4万余个编号117万余件文物。据1925年公开出版的《清室善后委员会点查报告》一书所载，清代宫廷遗留下来的文物包括三代鼎彝、远古玉器、唐宋元明之书法名画、宋元陶瓷、珐琅、漆器、金银器、竹木牙角匏、金铜宗教造像以及大量的帝后妃嫔服饰、衣料和家具等等。可谓金翠珠玉，奇珍异宝，天下财富，尽聚于此。除此之外，还有大量图书典籍、文献档案。为此故宫博物院下设古物馆、图书馆、文献馆，分别组织人力继续对文物进行整理，并就宫内开辟展室，举办各种陈列，还编辑出版多种刊物，公开资料，进行宣传。各项工作开展得有声有色，人文荟萃，极一时之盛。

    经过一年的紧张筹备，于1925年10月10日在乾清门前广场举行了盛大的建院典礼，并通电全国，宣布故宫博物院正式成立。开放的第一天，人们以争先一睹这座神秘的皇宫及其宝藏为快，北京市内万人空巷，交通为之堵塞，此亦成为当天各大报纸的重大新闻。

     之后，皖系、直系等相继入主北京，故宫归属不稳。1928年国民革命军北伐战争结束。6月，南京国民政府接收了故宫博物院。10月5日颁布了《故宫博物院组织法》及《故宫博物院理事会条例》，规定“故宫博物院直隶于国民政府，掌理故宫及所属各处之建筑、古物、图书、档案之保管、开放及传布事宜”。国民政府任命理事27人，复由理事会推举理事10人。李煜瀛任理事长，易培基任院长，院以下设秘书处、总务处、古物馆、图书馆、文献馆。古物馆馆长为易培基（兼），文献馆馆长为张继，图书馆馆长为庄蕴宽，至此故宫博物院大局初定。

     抗日战争全面爆发前夕，日本帝国主义鲸吞了中国东北领土，1931年“九·一八事变”后，又步步进逼华北，形势危急。1933年，易培基遭诬陷离职。马衡接任院长。马衡，浙江鄞县人，1881年生，杭州西泠印社第二任社长，金石考古学家、书法篆刻家。同年，故宫博物院为保护其文物安全，不至遭战火毁灭或被日本帝国主义掠夺，决定采取文物避敌南迁之策，择其精要装箱南迁，并在南京建立文物库房，成立故宫博物院南京分院。从1933年2月至5月，先后检选出文物、图书、档案13427箱又64包，分五批先运抵上海，后又运至南京。

     1937年，“七七卢沟桥事变”爆发，抗日战争全面展开。南迁文物至四川，分储巴县、乐山和峨眉。1945年抗日战争胜利，北平收复，国民党政府再度接收故宫博物院，马衡继任院长。三处南迁文物复集中于重庆，于1947年运回南京。1947年9月，古物陈列所合并至故宫博物院。

     1949年2月，北平解放，故宫博物院由中国人民解放军北平军事管制委员会文化接管委员会接管。同年10月1日，中华人民共和国建立，故宫博物院隶属中央人民政府文化部。但在中国人民解放军即将渡江之际，自1948年底至1949年初，南京国民党政府从南京库房中挑选出2972箱文物运往台湾，后于台北市士林外双溪建立新馆，公开对外展出。余下的大批文物，在1949年以后陆续运回故宫博物院一万余箱，但至今还有2176箱仍封存于南京库房，委托南京博物院代为保管。