三
护国军务院成立前后，曾发表一系列宣言和通电，对袁世凯展开政治攻势。与此同时，军务院还督率大军，分湘、赣、闽三路北伐。陆荣廷率桂军及湖南护国军总司令程潜部负责主攻湖南，龙济光部配合作战；李烈钧、莫荣新及林虎部主攻江西；莫擎宇部进攻福建。
龙济光对于军和院的北伐讨袁不仅不热心，而且还处处干扰阻拦。他威逼军各院，责令广东各路讨袁民军听候改编，实质是想趁机取缔民军。当李烈钧出师北伐，由粤出赣时，他增兵粤北，假托各界名义电拒李军经过，驻在韶关的龙部振武军甚至开炮轰击李军，引起了战争。龙济光的所为，再次激起了中华革命军及广东民军的义愤，纷纷要起兵驱龙，朱执信还提出：“必俟龙济光离粤始允停战”。但军务院对龙济光的倒行逆施却一味迁就和容忍。
6月6日，袁世凯在全国人民的讨伐声中死去。皖系段祺瑞出任国务总理，黎元洪继任大总统。为了缓和国内矛盾，北京政府于6月中作出恢复旧约法、召集国会的决定，南北双方达成了妥协，7月14日，护国军政府宣告撤销。
龙济光在袁世凯死后三天，即宣布广东取消独立。他在韶关的振武军与滇军发生冲突后，即向段祺瑞求援。段祺瑞电令江西将军李纯集结兵力于赣南，准备出击李烈钧。但北洋军尚未行动，振武军已被滇军击败。这时，陆荣廷也令桂军乘势由西路攻入三水，将龙济光困在广州。段祺瑞原想支持龙济光出任广东督军（都督改称督军），但因各方反对，陆荣廷又兵临广州城下，于是，7月6日，北京政府任命陆荣廷为广东督军，朱庆澜为广东省长，龙济光调任两广矿务督办，在陆荣廷未到任前，仍以龙济光暂署广东督军。陆荣廷于7月10日从湖南返回广西。8月下旬，陆荣廷率兵入粤，以武力逼迫龙济光交卸。龙济光在桂滇大军的压力下，被迫放弃广州，率部移驻海南岛。
陆荣廷任广东督军，开始了桂系军阀统治广东的时期。1917年4月，陆荣廷长任两广巡阅使，广东督军由陈炳焜
继任。同年11月，广惠镇守使莫荣新接替陈炳焜
任广东督军，直至桂系败退离粤止。这段时间，广东的民军和地方实力派掌握的军队，不是被解散，就是依附于桂系军阀。如陈炯明，自动把所部民军交出，被改编为二十个营，分驻于东江各地。随后，这二十营军队编入朱庆澜的省长亲军中。陈炯明交出军队后，即上北京谒见黎元洪和段祺瑞，获得“定威将军”的封号，后回广东充当督军府高等顾问。但不久，陈炯明又感到郁郁不得志，便于1917年夏天到上海，投向孙中山门下，向孙中山“认错”表示“竟诚拥护”。孙中山不咎既往，再度与他合作。
当时，北京政府发生“府院之争”，继而督军团叛变，演成张勋复辟。段祺瑞重新控制北京政权后，拒绝召开国会和恢复约法。孙中山于是在上海倡议护法运动，先派胡汉民、朱执信等赴两广游说桂系陆荣廷、陈炳 焜
以及滇系军阀唐继尧等。当时两广正打出“自主”旗号，表示欢迎孙中山南下。于是，孙中山于1817年7月与廖仲恺、陈炯明等率支持孙中山的海军南下护法，随后，部分国会议员也相继来粤，于8月25日至9月1日，召开非常国会，会议通过《中华民国军政府组织大纲》，选举孙中山为中华民国军政府大元帅，唐继尧、陆荣廷为元帅。这是孙中山第一次在广东建立政权，与北洋军阀政府相对抗，但当时统治两广的桂系军阀以及滇系军阀，并不是真心拥护护法运动。他们对孙中山的活动，采取不合作态度，甚至遇事加以掣肘，致使护法军政府一成立，就隐伏着分裂的危机。
广东省长朱庆澜，因拥护孙中山，受到桂系的排挤，不得不去职，广东省议会乃于9月6日推举胡汉民为省长，但陈炳焜 不同意，后终推李耀汉为广东省长。11月间，陆荣廷指派莫荣新接替陈炳焜
任广东督军。莫荣新对孙中山及其军政府十分无礼，并指令部下捕杀孙中山大元帅府六十多人。孙中山强烈要求严惩肇事者和向军政府谢罪，莫荣新置之不理。1918年1月3日，孙中山密令海军、滇军等炮击观音山广东督军署，并令朱执信、陈炯明等响应举事。孙中山炮击观音山，教训莫荣新，莫荣新也无可奈何，一时不敢还击。随后派代表向孙中山求和，接着又亲赴大元帅府请罪。
护法军政府除了内部有分裂行为之外，还受到龙济光的进攻。1917年11月8日，段祺瑞任命驻琼州的龙济光为两广巡阅使，令其出兵进攻护法军政府，龙济光受命后，立即率二万余人分三路进攻：李嘉品为第一路，段云源为第二路，马存发为第三路，分别从阳江登陆准备攻取广州，从雷州半岛登陆准备攻取南宁。12月30日，莫荣新任命钦廉镇守使沈鸿英为讨龙军第一军司令，令其率所部在石城至化州一线阻击龙军；以原高雷镇守使林虎为讨龙军第二军司令，令其率警卫军在恩平方向迎敌。1918年3月7日，莫荣新任命李烈钧为讨龙军总指挥，率部反攻。3月16日，攻克恩平；3月25日，又攻占阳江；4月12日，占领电白，逼龙济光集主力在高州、化州、石城一带顽抗。讨龙军分水、陆两路进击龙军，4月25日收复化州，4月27日攻克石城，4月28日拿下遂溪，龙济光进退失据，被迫弃军逃走。讨龙战争成功。龙济光后来跑到山东、安徽一带招募土匪，组成振武新军，准备重新攻粤，旋因部队哗变而未果。1921年1月，被免去两广巡阅使职，列名将军府，授为隆威上将军。1926年3月龙济光在北京死去。
广州护法军政府除了在南面受到龙济光的进攻之外，北面也受到北洋军的进攻。1918年4月，东西督军陈光远遵照段祺瑞的指令，攻占南雄。护法军政府陆军总长、靖国军第五军军长张开儒（云南巧家人），急调驻韶关等地兵力，增援南雄。由于援兵立足未稳，被赣军击溃，南雄陷落。莫荣新急调李根源为粤赣湘边防军务督办，率所部滇军从讨龙战场疾速北进。5月初，李烈钧也奉命率讨龙部队增援北代，会同李根源整顿部队，分三路于6月3日发动全面进攻，激战四昼夜，逼使赣军向江西败退，靖国军克复南雄。是役史称为南雄之战。
孙中山虽然是护法军政府的大元帅，但在滇桂军阀的排挤之下，当时毫无实权，他极想建立自己的一支陆军。其时北洋军从福建进攻潮汕，广东告急。孙中山派胡汉民游说桂系军阀，请拨出省长亲军中的二十营粤籍军队，由陈炯明率领“援闽”（征讨福建的北洋军阀）。桂系军阀开始不准，后因潮梅镇守使莫擎宇投靠段祺瑞，宣布独立，形势危急，才勉强同意。陆荣廷还有另一阴谋，想借此排挤国民党的势力出广东，利用粤军去和北洋军阀互相厮杀，他可坐收渔人之利。于是，陆荣廷分别在1917年11月10日和27日于梧州和广州召开军事会议，商定了攻闽方略。
1917年12月2日，孙中山以大元帅名义任命陈炯明为援闽粤军总司令，并派许崇智（广东番禺人），邓铿等主要军事干部相助。1918年1月25日，陈炯明在广州东郊举行援闽誓师，出发东征。但陈炯明到达粤东后，即停滞不前，只是进行部队的整顿和补充。从2月至4月间，孙中山多次去电函催其从速攻闽，但陈炯明仍不作行动。
此时在广州，滇桂军阀联合起来排挤孙中山，改组军政府的元帅制为合议制，并和北京政府实行妥协，迫使孙中山不得不于5月4日辞去大元帅职，并于5月21日离开广州赴上海。孙中山的第一次护法运动，在南北军阀的夹击下失败了。孙中山唯有将希望寄托在陈炯明的援闽粤军之上，在赴上海途中，特于5月26日至三河坝粤军总司令部会晤陈炯明及粤军将领，力劝其攻闽。
在孙中山及粤军将领的逼使下，陈炯明在5、6月间兵分三路攻闽。经过了大大小小的战斗，到8月底，援闽粤军打败了福建督军李厚基的北洋军，占领了闽西南的汀州、漳州、龙岩等地共二十多个县，建立了“闽南护法区”。这时，皖系控制的安福国会选举徐世昌为总统。11月16日，徐世昌发布停战命令。11月22日，广州军政府也下令停战。于是，援闽粤军与北洋军在福建前线划界停战。